目前我院参与共建国家级科研基地2个，拥有实践教学国家级实验示范中心及虚拟仿真实验教学中心3个，省部级科研基地5个，校级跨学科科研基地1个。
一.国家级科研基地2个：
1.国家水运安全工程技术研究中心分中心（2014年获批）
2.船舶运输控制系统国家工程研究中心武汉理工分中心（2022年获批）
二.国家级实验教学示范中心及虚拟仿真实验教学中心共3个
1.船舶运输实验实训教学中心（2009年获批）
2.水路交通虚拟仿真实验教学中心（2012年获批）
3.水陆交通实验实践教学中心 （2013年获批）
三.省部级科研基地5个
1.高性能舰船技术教育部重点实验室 （2008年获批）
2.船舶动力工程技术交通运输行业重点实验室 （2007年获批）
3新能源与绿色技术水上应用湖北省工程研究中心 （2023年获批）
4舰艇爆炸冲击毁伤与防护湖北省国防科技（军民融合）重点学科实验室 （2023年获批）
5.绿色智能江海直达船舶湖北省工程研究中心 （2018年获批）
四、校级科研基地3个：
1.武汉理工大学发动机排放检测中心
2.武汉理工大学造船史研究中心
3. 武汉理工新能源船舶研究中心
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